Windows7以降のデスクトップにショートカットをたくさん(4個以上)置くと「システムメンテナンス」機能により、勝手にショートカットがすべて削除されてしまう、という怪現象があります。

この設定は無効にできるのですが、何度やっても設定する場所が記憶できません。以下の場所が設定画面の在り処です。
コントロール パネル\すべてのコントロール パネル項目\トラブルシューティング\設定の変更
ここで「コンピューター保守」項目を確認してください。
「有効」から「無効」に変更して「OK」ボタンをクリックして下さい。

設定を変更しない場合は、デスクトップに置くショートカットの数を3個以下にすることで回避できます。
また、デスクトップに「ショートカット入れ」なるフォルダを作り、そこにショートカットを入れる分には個数の制限はありません。